Золотые купола химии
Вход

Забыли пароль?

Поиск
 
 

Результаты :
 

 


Rechercher Расширенный поиск

Новое меню
Меню сайта
Последние темы
» The Elements Spectra 1.0.6 - Русская версия
Ср Авг 01, 2018 11:19 pm автор Admin

» Строение вещества
Пн Апр 23, 2018 2:53 pm автор эл

» Формулы Периодического Закона химических элементов
Сб Мар 31, 2018 6:27 pm автор sengukim

» Лурье Ю.Ю. - Справочник по аналитической химии
Вс Мар 25, 2018 5:42 pm автор АлисаМалиса

» Видеоурок по химии.Мыло и моющие вещества
Сб Мар 24, 2018 11:14 pm автор vella

» задача
Пн Мар 19, 2018 7:10 pm автор Tem

» превращения веществ
Пт Мар 16, 2018 4:10 am автор Кщьштштш

» Задачка по химии
Чт Мар 15, 2018 4:53 pm автор Sanchous

» Генрих Штремплер.Видео "Учебный эксперимент по химии"
Ср Янв 17, 2018 2:52 am автор Генрих Штремплер

»  Генрих Штремплер.Видео "Учебный эксперимент по химии"
Ср Янв 17, 2018 2:49 am автор Генрих Штремплер

» Нижник Я.П.Лекция 11 "Альдегиды и кетоны"
Чт Янв 11, 2018 11:42 pm автор vella

» Нижник Я.П. Лекция №4: "Непредельные углеводороды.Алкены"
Чт Янв 11, 2018 11:37 pm автор vella

» Нижник Я.П.Лекция 5 .Алкадиены и алкины
Чт Янв 11, 2018 11:34 pm автор vella

»  Нижник Я.П.Лекция 7. Арены-ароматические углеводороды
Чт Янв 11, 2018 11:30 pm автор vella

»  Нижник Я.П.Лекция 8:"Галогенпроизводные углеводородов"
Чт Янв 11, 2018 11:26 pm автор vella

»  Нижник Я.П.Лекция 9:"Спирты"
Чт Янв 11, 2018 11:23 pm автор vella

»  Нижник Я.П.Лекция 10 :"Фенолы.Простые эфиры"
Чт Янв 11, 2018 11:19 pm автор vella

» Нижник Я.П. Лекция №3 "Углеводороды.Алканы"
Чт Янв 11, 2018 11:14 pm автор vella

» Нижник Я.П.Лекция 6.Циклические соединения
Пн Янв 08, 2018 6:41 am автор Likia

» Строение атома.
Сб Дек 30, 2017 11:33 am автор vella

» превращения веществ
Сб Окт 14, 2017 8:47 pm автор dbnzq1

» Хочу найти ответ на свой вопрос в старых темах
Сб Окт 14, 2017 8:43 pm автор dbnzq1

» "Интеграл" серия - "Эколог"
Чт Окт 12, 2017 12:53 pm автор sherzatikmatov

»    Академия занимательных наук.Химия(часть 47).Химический источник тока. Процесс электролиза.
Чт Окт 12, 2017 3:41 am автор Irino4ka

» Научный проект:"Радуга химических реакций"
Чт Окт 12, 2017 2:09 am автор Irino4ka

» Помогите найти программу!
Вт Окт 03, 2017 2:13 pm автор flopi

» Онлайн калькулятор определения степеней оксиления элементов в соединение
Сб Сен 16, 2017 10:58 am автор кардинал

» MarvinSketch 5.1.3.2
Пн Сен 11, 2017 5:26 pm автор кардинал

» Carlson.Civil.Suite.2017.160728
Вт Июл 18, 2017 6:42 pm автор кузбасс42

» Ищу "Химический тренажер" Нентвиг, Кройдер, Моргенштерн Москва, Мир, 1986
Чт Июн 01, 2017 1:58 am автор кардинал

» Губчук Д.П. Итоговая контрольная работа по химии 9 класс
Вс Май 14, 2017 6:12 pm автор школьник

» EXPO2013
Чт Май 04, 2017 10:15 pm автор кардинал

» Е. А. Стрельцов Тесты по химии для поступающих в высшие учебные заведения
Пн Апр 10, 2017 12:31 am автор кардинал

» задача по потенциометрии, запуталась
Вс Апр 02, 2017 6:22 am автор Роксанана

» Бернтсен А.Краткій учебнікъ органической химіи
Пн Мар 13, 2017 10:27 pm автор vella

» Игра :"Химическая защита"
Пн Мар 13, 2017 10:14 pm автор vella

» IsisDraw 1.2
Вс Мар 12, 2017 1:49 am автор Сергей7452

» запутался с решением)
Сб Мар 04, 2017 12:34 am автор Tem

» задачи
Пн Фев 27, 2017 6:57 am автор Tem

» Многоатомные спирты
Чт Фев 23, 2017 1:17 am автор эл

» Запрос
Ср Фев 22, 2017 7:01 pm автор Admin

» Химия. Тесты для самоконтроля
Вт Фев 21, 2017 2:17 pm автор Aktam28.06

» Тест по теме"Предельные углеводороды" с ответами
Сб Фев 18, 2017 9:46 pm автор vella

» Тест по теме"Ароматические углеводороды" с ответами
Сб Фев 18, 2017 9:33 pm автор vella

» Межрегиональная предметная олимпиада Казанского федерального университета по предмету «Химия».2013-2014 уч.год
Сб Фев 18, 2017 11:55 am автор Aktam28.06

» Халиуллин Р.Ш. и др. Олимпиадные задания по предмету "Химия"
Сб Фев 18, 2017 2:16 am автор Aktam28.06

» Gemcom.Surpac.v6.5.1
Сб Фев 11, 2017 6:42 am автор PRIZ

» FX ChemStruct 1.105 - Русская версия
Чт Фев 09, 2017 5:44 pm автор vella

» Троегубова Н.П.Контрольно-измерительные материалы. Химия. 11 класс
Пн Фев 06, 2017 7:59 pm автор Fallen

» Тест по теме Спирты и фенолы
Ср Янв 25, 2017 9:06 pm автор кардинал

Часы и календарь
гороскоп
Кто сейчас на форуме
Сейчас посетителей на форуме: 10, из них зарегистрированных: 0, скрытых: 0 и гостей: 10 :: 2 поисковых систем

Нет

Больше всего посетителей (799) здесь было Ср Фев 15, 2012 9:20 pm
Страны
Статистика
Всего зарегистрированных пользователей: 44180
Последний зарегистрированный пользователь: a_lis

Наши пользователи оставили сообщений: 14490 в 9527 сюжете(ах)
Самые активные пользователи
vella (2576)
 
Admin (1990)
 
кардинал (1918)
 
Rus (1489)
 
Линда (1192)
 
Deza (645)
 
robert (471)
 
alhimik (278)
 
Shushi (236)
 
Oxygenium (185)
 

Счётчик от яндекса
Яндекс.Метрика
популярные пользователи


The Science Behind Foldit (игра "Собери белки")

Перейти вниз

The Science Behind Foldit (игра "Собери белки")

Сообщение автор vella в Сб Май 11, 2013 4:08 am

FoldIt (русск. Фолдит) — авторы игры рассчитывают на такую человеческую особенность, как интуиция. «Существует слишком много вариантов строения молекулы, - говорит Бейкер (создатель игры). Если увеличивается размер моделируемого белка, то сложность проблемы растёт нелинейно, в таком случае компьютерные алгоритмы уже не справляются. Однако люди, используя свои интуитивные возможности, способны получить правильный ответ гораздо быстрее». Более того, с помощью данной игры можно найти новые алгоритмы поиска, которые можно будет использовать при компьютерном моделировании.

Игра похожа на объёмный тетрис, в котором требуется оптимальным образом свернуть белок. Решение каждой задачи приносит определённое количество баллов, отражающих потенциальную энергию белка в полученной конфигурации. В трёхмерную «развлекалку» Fold.it могут играть все: даже дети и жители отдалённых островов Земли, которые понятия не имеют о молекулярной биологии. Разработчики постарались сделать такую игру, чтобы она была интересна каждому. А результат игры вполне может стать основой для Нобелевской премии и спасти жизни тысяч людей. Так что этот проект интересен возможностью отыскать среди обыкновенных людей тех, кому дарована способность «чувствовать» структуру белка.

FoldIt разработана коллективом учёных Вашингтонского университета с факультета Computer Science and Engineering (компьютерной науки и инженерии) и с факультета Biochemistry (биохимии) (многие из них участвовали в создании Rosetta@Home). Первый бета-релиз был выпущен в мае 2008 года. Foldit следует парадигме "игра с целью", в которой игроки, в качестве конечного результата игры, помогают в решении проблем, которые не могут решить компьютеры. Более ранним примером использования данной парадигмы является ESP Game (также называемая Google Image Labeler).

Foldit представляет собой красивую и нетребовательную к ресурсам компьютера трёхмерную игру, в которой игрок управляет простыми белково-подобными структурами, в которой периодически обновляется множество головоломок, основанных на реальных белках. Программа выводит графическое трёхмерное представление структуры белка недоступное пока на (27.марта.2012г) современным электронным микроскопам, и пользователь может управлять этой структурой с помощью набора инструментов.

Результаты игры сразу же отправляются в центр обработки, где их проверяют на суперкомпьютере. В рамках проекта Fold.It предложен новый способ: не тупой перебор всех вариантов, а интеллектуальный мозговой штурм через компьютерную игру. Количество вариантов сокращается на порядок, а суперкомпьютер гораздо быстрее найдёт правильные параметры фолдинга.


Установка игры
[Вы должны быть зарегистрированы и подключены, чтобы видеть эту ссылку]
Для Windows: Скачайте игру. Выберите пункт меню "Create account" и создайте учетную запись. Создать учетную запись можно также и на сайте проекта . Присоединяйтесь к Russian team . Введите свои регистрационные данные, войдите в игру и решите несколько учебных головоломок, дающих Вам основные инcтрументы, хотя можно начинать играть и без них .... Для включения русского интерфейса в игре при входе в игру выберите русский язык.

Если не нравится перевод, поставляемый в комплекте, можно попробовать переводы со страницы [Вы должны быть зарегистрированы и подключены, чтобы видеть эту ссылку] Скачанные оттуда два файла надо положить в папку locale, которую придётся найти где-то в дебрях папки C:\FoldIt\ (или той другой, если Вы меняли путь установки)

Примечание для Linux: нет инсталлятора. Распакуйте файл (команда untar) и, перейдя в директорию игры (команда cd), наберите команду ./Foldit Бывает, что нет формы ввода логина при первом запуске программы. В этом случае кликните на окошки для флажков и должно появится окошко для ввода логина.

Учебные головоломки
После первого запуска игроку предлагается решить учебные головоломки. Пройдя первые пять паззлов Вы можете приступить к решению сёрьёзных научных задач, имея просто интуицию и логику. Знания по биоинформатике совершенно не нужны.
Главное - Участие !

Учебные головоломки‎‎

Свойства элементов и правила по-простому объяснены в обучающей части. A стремится приклеиться к B, но отталкивается от C. В результате пользователь получает трёхмерный паззл.

“Сложи это!” - призывает название игры. Программа предлагает игроку лучшую из известных моделей какого-либо белка и небольшой набор инструментов для её изменения: можно дёргать, тянуть и переворачивать элементы. Цель игры - сложить ещё более стабильную и энергетически выгодную для молекулы структуру. Эти параметры просто и прозрачно отражены в получаемых очках. Сложили хорошо - плюс, развалили молекулу вдребезги - минус.



Новые игроки

В Вашингтонском университете создали игру FoldIt, превратив процесс моделирования структуры белков в онлайн-головоломку, доступную для понимания широкому кругу далёких от биохимии людей.

Паззл-симулятор укладки молекул белков Foldit стал победителем конкурса журнала Science на самую лучшую художественную работу, описывающую один из научных феноменов или процессов в номинации научно-познавательных игр за 2011 год.

Мелкие достижения там были и раньше (типа успешного определения структур уже известных белков или небольшого уточнения/полировки моделей созданных автоматизированными алгоритмами типа R@H, так же была победа по нескольким моделям при CASP9 соревновании), а сейчас благодаря "коллективному разуму" игрокам удалось определить 3D структуру белка, которую более 10 лет не удавалось определить учёным. Оригинал полной статьи тут: [Вы должны быть зарегистрированы и подключены, чтобы видеть эту ссылку] Краткое изложение тут: [Вы должны быть зарегистрированы и подключены, чтобы видеть эту ссылку] ... Команда нашедшая правильную структуру - The Contenders. Результаты были оформлены как научная статья и опубликованы в журнале "Nature Structural and Molecular Biology" 18 сентября 2011. Белок, структуру которого искали - "retroviral protease" из вируса родственного ВИЧ/СПИД (только у обезьян, а не человека), были неоднократные попытки определить его структуру - как кристаллографией, так и различными методиками моделирования. Все заканчивались неудачно. После очередной неудачи один из учёных (Mariusz Jaskolski из Mickiewicz University из Польши) отправил этот белок Дэвиду Бейкеру вместе с которым оформили её как очередной "пазл" для игры FoldIt. В результате игроками была найдена правильная структура.

Немного цифр: поиск продолжался 3 недели - в работе над этим белком принимало участие 600 человек ("игроков") из 41 команды - сгенерировано 1.25 миллиона моделей (на самом деле это не такая уж гигантская цифра - в FoldIt после каждого небольшого внесённого изменения в структуру белка промежуточный результат на всякий случай отправляется на сервер, (супекомпьютер для более подробного "обсчёта". Можно считать проведено 1.25 млн. "манипуляций", хотя тоже прилично - в среднем по 2 тыс на человека). - из них учёными было отобрано 5000 наиболее "перспективных", которые тестировали сравнивая с результатами рентгеновской кристаллографии (там тот случай о котором я раньше писал: когда по кристаллографии невозможно определить исходную структуру/модель исследуемой молекулы, но при данной известной модели можно проверить соответствует ли она экспериментальным наблюдениям). Победила в итоге модель созданная командой The Contenders, давшая почти идеальное совпадение с данными кристаллографии.

Сейчас обсуждается возможность, а не дать ли игрокам FoldIt доступ к данным и соответствующий инструментарий для сравнения моделей которые они создают с экспериментальными данными по этому белку (если они есть конечно), чтобы игроки могли самостоятельно сравнивать модели с экспериментальными данными и лучше понимать в правильном ли направлении они двигаются и что возможно нужно изменить в модели для большего соответствия (формула минимальной энергии, которая сейчас используется, не всегда хороша - часто она заводит модель в "ловушки локальных минимумов"). По сути это уже практически не будет отличаться от того, чем занимаются настоящие учёные занимающиеся кристаллографией, только в форме онлайн "игры" и командного соревнования.

Игра


[Вы должны быть зарегистрированы и подключены, чтобы видеть это изображение]

«FoldIt», скриншот игры. Стрелочками показаны:

Свойства белковой цепи:
1 — слишком близко расположенные атомы;
2 — водородная связь;
3 — гидрофобный аминокислотный остаток; поскольку он не защищен (то есть не спрятан внутрь молекулы белка), на нём «висит» желтая капелька;
4 — гидрофильный аминокислотный остаток;
5 — сегмент белкового «хребта» (то есть основной цепи), имеющий повышенную энергию и поэтому выделенный красным.

Рабочие инструменты игрока:
6 — «резинки», с помощью которых игроки могут управлять автоматическими инструментами;
7 — «замораживание» белкового «хребта», сохраняющее данный участок неизменным при изменениях других областей белка.

Интерфейс игры:
8 — панель, на которой показан текущий статус игрока, включая количество заработанных очков;
9 — список лучших игроков-одиночек и лучших команд;
10 — панель дополнительных инструментов и опций;
11 — чат для общения с другими игроками;
12 — «кулинарная книга» для создания новых автоматических инструментов, или «рецептов», по работе с белком.

Стратегия

В этой игре вам даётся начальная конфигурация структуры белка, где вы можете мышью перетаскивать части белка, изменяя его структуру. Все изменения мгновенно отображаются программой в 3D. Если вы двигаете в правильном направлении, отросток становится зеленым, исчезают красные звездочки, увеличиваются ваши очки. В неправильном случае все наоборот.

Для добавления в свой клиент новых инструментов/рецептов/макросов нужно сделать следующее:

Групповые рецепты зарегистрировавшимся игрокам доступны по следующему адресу: [Вы должны быть зарегистрированы и подключены, чтобы видеть эту ссылку] .

Практически все рецепты написаны на второй внутренней версии языка Lua, которая, к сожалению, до сих пор так и не появилась в основной версии клиента. Поэтому для их запуска необходимо перейти в "бета"-версию клиента. Официальная инструкция здесь: [Вы должны быть зарегистрированы и подключены, чтобы видеть эту ссылку] в кратце - необходимо найти на своем компьютере файл в папке C:\Documents and Settings\All Users\Application Data\foldit\ options.txt, и в нём поменять строку

"update_group" : "main"
на
"update_group" : "beta".
После этого перезапустить клиента и все новые добавленные рецепты будут работать.
А также у Вас появится ещё с десяток новых пазлов.

Общей стратегией игры является получение как можно большего количества очков зарабатываемых при применении рецептов. Большое количество голосов "Votes" и звёзд "Stars" рецептам совершенно не значит, что они приносят много очков


Официальный сайт: [Вы должны быть зарегистрированы и подключены, чтобы видеть эту ссылку]


Скачать версию для windows:

[Вы должны быть зарегистрированы и подключены, чтобы видеть эту ссылку]


для OSX(Intel 10.4 or later)


[Вы должны быть зарегистрированы и подключены, чтобы видеть эту ссылку]

для Linux :
(64-bit)

[Вы должны быть зарегистрированы и подключены, чтобы видеть эту ссылку]
avatar
vella
VIP
VIP

Сообщения : 2576
Дата регистрации : 2009-09-06

Вернуться к началу Перейти вниз

Вернуться к началу


 
Права доступа к этому форуму:
Вы не можете отвечать на сообщения